По обретении Сербией автономии в составе Османской империи (1815), в Белграде, в январе 1832 года, под юрисдикцией Константинопольского патриархата была учреждена автономная митрополия. С установлением международно признанного государственного суверенитета и независимости Княжества (после Берлинского конгресса), Белградская митрополия в 1879 году получила автокефалию от Константинопольской патриархии.
Восстановленная православная церковь вскоре оказалась подчинена государству. В 1862 году в Сербии был принят Закон об органах церковной власти православной веры, который предусматривал, что члены консисторий должны были утверждаться князем (как и работники их канцеляриций), приносить ему клятву как гражданские судьи и соблюдать общегражданские законы. Кроме того, консистории были обязаны соблюдать общегосударственные законы и получали жалованье как чиновники. Кроме того, этот закон ограничил церкви и монастыри в праве распоряжения недвижимым имуществом — для его продажи, покупки, дарения, сдачи в аренду требовалось согласие министерства. Закон также ограничил права Архиерейского собора, любое важное решение которого, теперь должно было утверждаться в Министерстве просвещения и религиозных дел. Даже выбранный собором новый архиепископ не мог быть хиротонисан пока не будет утвержден князем. Раз в три года каждый архиерей должен был объехать свою епархию и отчет о поездке направить Архиерейскому собору, который передавал его Министерству.
В 1859 год Белградскую митрополию возглавил митрополит Михаил (Йованович), смещённый в 1881 году. В 1882 году контроль над церковью был ужесточен - теперь митрополита избирал не собор, а специальный орган, включавший Архиерейский собор и представителей гражданских властей (министра просвещения и религиозных дел, председателей Государственного совета и кассационного суда, а также пять членов Скупщины). После избрания митрополит должен был быть утвержден в сане королём. Архиереи стали получать государственное жалованье в 10 тыс. динаров в год. 20 марта 1883 года, несмотря на протесты ряда сербских епископов, были проведены выборы (без участия архиереев) митрополита, которым стал архимандрит Феодосий (Мраович) (1883—1889); хиротония которого, с разрешения императора Франца-Иосифа была совершена Патриархом Карловицким Германом (Анджеличем) (1882—1888). Недовольные архиереи были сняты с должностей, а их епархии в 1886 году упразднены королём. С изменением политической ситуации (отречение короля Милана от престола) в стране митрополит Феодосий в 1889 году ушёл на покой, а митрополит Михаил — возвращён.
В 1890 году был принят новый Закон о церковных властях восточно-православной церкви, который провозгласил православие государственной религией страны и зафиксировал деление Сербии на пять епархий. Архиерейский собор снова состоял только из архиереев, но подчинение их королевской власти сохранялось: для поездки митрополиту или епископу за границу требовалось разрешение от короля, епископ до хиротонии должен был быть утвержден королём, а после неё назначался на епархию королевским указом. Закон 1890 года закрепил избрание митрополита Архиерейским собором, но с участием государственных чиновников и с утверждением королём избранного кандидата. Также закон зафиксировал обязательное государственное жалованье архиереям. Этот закон с некоторыми изменениями действовал до 1918 года.
Церковь Рождества Иоанна Предтечи, Вучье
По образовании в 1918 году Королевства сербов, хорватов и словенцев (с 1929 — Югославия), которое объединило Сербию с македонским и албанским населением, Королевство Черногорию, земли бывшей Австро-Венгрии (Босния и Герцеговина; Хорватия; Словения; Банат, Бачка и Баранья), в соответствии с решениями конференций сербских епископов и с согласия Синода Вселенской патриархии, произошло объединение православных церквей Сербии, Черногории и Австро-Венгрии в единую Сербскую Церковь, которое получило государственно-правовую санкцию указом регента Александра Карагеоргиевича 17 июня 1920 года. 12 сентября 1920 года, день Собора сербских святых, в Сремски-Карловцах состоялось торжественное провозглашение объединения и восстановления Сербской (Печской) патриархии.
Межвоенный период стал эпохой расцвета сербского православия. В 1920 году был открыт Богословский факультет Белградского университета. С начала 1920-х гг. в Югославии, чисто сельской тогда стране, до того не имевшей учреждений высшего православного богословского образования, находилось значительное число (около 44 тысяч в начале 1920-х гг.) беженцев из Российской империи, большинство из которых были лица с высшим и средним образованием: военные, учёные, духовенство во главе с митрополитом Киевским Антонием Храповицким. Русским архиереям во главе с митрополитом Антонием (который в свое распоряжение получил дворец Карловацких патриархов) было дозволено создать в Сремских Карловцах собственный церковный центр, который с половины 1920-х годов притязал на юрисдикцию над всеми русскими приходами и епархиями за пределами СССР (известен как «карловацкий синод»).
В 1929 году по новой конституции Сербская православная церковь была формально отделена от государства, но при этом осталась под контролем монарха: король сохранил право утверждать епархиальных архиеерев, а по закону 1930 года в выборах патриарха участвовали не только архиереи, но и государственные чиновники.
В 1930-е годы Сербская патриархия активно противодействовала сближению Югославии с папством. Особенно жесткая борьба разгорелась вокруг конкордата, заключенного со Святым престолом и ратифицированного скупщиной Югославии в июле 1937 года по предложению регента Югославии Павла Карагеоргиевича. Против конкордата выступил патриарх Варнава Росич в меморандуме, направленном 3 декабря 1936 года премьер-министру Югославии Стоядиновичу. 24 июля скончался патриарх Варнава; его похороны превратились в массовую антиправительственную демонстрацию. В итоге, конкордат был де-факто отменен, так как не был послан для утверждения в сенат и не получил силу закона.
Руководство Сербской церкви, включая патриарха Гавриила, публично выступило против подписанного 25 марта 1941 года премьер-министром Королевства Югославии Д. Цветковичем протокола о присоединении его страны к Тройственному пакту; протесты против союза с Германией привели к организованному разведывательными службами Британии и СССР и поддержанному патриархом Гавриилом государственному перевороту 27 марта, что в свою очередь спровоцировало вторжение Германии в Югославию в апреле того же года и последующее расчленение Королевства и оккупацию Сербии.
Германская оккупация Югославии, в особенности режим марионеточного Независимого государства Хорватия (НГХ), нанесли урон Сербской православной церкви: многие священнослужители были убиты, а храмы и монастыри разрушены. В НГХ была запрещена Сербская церковь и вместо неё учреждена Хорватская православная церковь, во главе которой в июне 1942 года стал русский эмигрантский архиерей Гермоген (Максимов).
Последующий коммунистический период Сербская Церковь также подвергалась давлению и притеснениям со стороны государства. Обострились националистические тенденции. Стремление властей контролировать сербскую диаспору привело к её расколу: в 1963 году была Свободная сербская православная церковь. В 1967 году под давлением властей была провозглашена неканоническая Македонская православная церковь.